Soyul is an outcast at school, so she feels more comfortable at the library than at school. The library is a place where she can lose herself amid the smell of old books, far away from the mean kids at school. However, this is no ordinary school library. It’s dubbed the Broccoli library thanks to the broccoli-shaped zelkova tree that grows in the courtyard, and the librarian who the kids call the white-haired witch makes it even more peculiar. She may be silver-haired but has a youthful face and knows everything, like who is horsing around or who is putting their boogers on the books. Soyul often spends time imagining that the librarian is a real witch, but one day she actually discovers flying books and a pair of golden shoes that move by themselves in the library. She soon finds out that the shoes belong to Chichi a real little witch. Chichi and Soyul become friends immediately and the Broccoli library becomes the place where Soyul can meet her only friend.

Soyul thinks that if she had magical powers like Chichi, she would teach Hyesoo, the leader of the bullies, a lesson. One day, Soyul somehow switches bodies with Chichi, and unable to contain her hatred and anger she turns Hyesoo into a book. Hyesoo who turns into a book covered in boogers, disappears from the school and also the memory of everyone. Nobody remembers that Soyul used to be an outcast and Soyul thinks that everything has become perfect.

The master witch, who performs terrifying black magic takes interest in the fact that Soyul, a human girl, turned her friend into a book, out of anger. Seeing that Soyul is torn over what she has done, the master witch teaches her the spell to restore Hyesoo, predicting that Soyul will not use the spell. The witch plans to complete her black magic by obtaining Soyul’s anger, resentment and sadness, but things take a complete turn when Soyul takes a brave stand against the master witch. 

반에서 왕따를 당하는 소율이는 교실보다 도서관이 편하다. 친구들의 괴롭힘과 울적함을 피해 숨어들듯 찾아가, 오래된 책 냄새에 둘러싸여 위로받는 곳이었다. 사실 이곳은 결코 평범한 학교 도서관이 아니다. 중정에서 자라는 커다란 느티나무의 생김새 때문에 ‘브로콜리 도서관’이란 범상치 않은 별명으로 불리는 데다가, 사서 교사인 ‘백발마녀 샘’은 더더욱 범상치 않다. 주름도 없는 얼굴에 머리카락만 새하얀, 도무지 나이를 가늠할 수 없는 백발마녀 샘은 누가 도서관에서 못된 장난을 치는지, 누가 책에 코딱지를 묻히는지, 아이들에 대해 모르는 게 없다. 백발마녀 샘이 진짜 마녀가 아닐까 상상하던 소율이는 어느 날, 도서관에서 휙휙 날아다니는 책들과 혼자 돌아다니는 금빛 구두를 목격하고, 그 구두의 주인이 꼬마 마녀 치치라는 걸 알게 된다. 치치와 소율이는 만나자마자 친구가 되고, 유일한 안식처였던 브로콜리 도서관은 이제 소율이의 유일하고도 신비스런 친구를 만날 수 있는 장소가 되었다.

소율이는 자신에게 치치와 같은 마법 능력이 생긴다면 왕따 주동자 혜수를 골탕 먹이고 싶다는 생각을 한다. 그러던 어느 날 잠시 동안 치치와 몸이 바뀌게 된 소율이는 혜수를 본 순간 분노와 미움을 참지 못해 혜수를 ‘책’으로 만들어 버린다. 코딱지가 덕지덕지 붙은 책이 되어 버린 혜수는 학교에서 자취를 감추었을 뿐 아니라 모두의 기억 속에서도 사라진다. 소율이가 왕따였다는 사실조차도 없던 일이 되어 버렸으니, 소율이에겐 너무나 잘된 일인 것만 같다.

마녀들의 수장이자 무시무시한 흑주술 마법을 구사하는 ‘대마녀’는 인간 소녀인 소율이가 마음속의 담긴 분노에 힘입어 친구를 책으로 만들어 버렸다는 사실에 흥미를 가진다. 자신이 저지른 일로 고민하는 소율이에게 혜수를 본모습으로 되돌릴 주문을 쉽게 알려 준 이유는, 소율이가 그 주문을 선뜻 사용하지 못할 것이라는 걸 대마녀도 잘 알았기 때문이다. 대마녀는 소율이의 마음속 분노와 원망, 슬픔을 손에 넣어 ‘흑주술’을 완성하려 한다. 하지만 이 모든 사건의 발단이 되었던 소율이가 다시 용기를 내어 직접 대마녀에 맞선다.